Nach seinem Karriereende 2012 fuhr Stoner noch V8-Supercars und war Testfahrer für Ducati und Honda. Wegen seiner körperlichen Probleme wurde es in letzter Zeit allerdings still um ihn. Seit über einem Jahr ist er nicht mal mehr Kart gefahren, denn ihm fehlt die Kraft dies einen Tag lang durchzuhalten, so äußert er seinen Frust über seine Krankheit.
Durch die chronische Ermüdung ist er nicht in der Lage sich fit und gesund zu halten. Daneben hat er auch Probleme mit Rippen, Wirbelsäule und Bandscheiben.
Wenn er trainieren oder nur raus gehen würde, um irgendwas zu machen müsse er danach Tage auf der Couch verbringen, um sich zu erholen.
Bereits 2009 hatte er ähnliche Probleme und musste damals sogar drei Rennen pausieren. Damals soll es an einer Laktose-Intoleranz gelegen haben.
